AI創薬 4時限目

化合物の構造を表現する方法として「フィンガープリント」がある。
RDKitではフィンガープリントで化合物の類似度を判定できる。

(1)インフルエンザ治療薬タミフルで使われている「オセルタミビル（oseltamivir）」で試す。
smile形式では「CCC(CC)OC1C=C(CC(C1NC(=O)C)N)C(=O)OCC」

(2)有名な溶解度のデータセットを読み込みループで周す。
それぞれの化合物のsmile形式でオセルタミビルとの類似度（タニモト係数）を取得する。

(3)類似度がしきい値を超えたものを表示する。

4-methylpteridine – 0.5862068965517241
1,7-phenantroline – 0.5555555555555556
3-methylindole – 0.5769230769230769
2-methylpteridine – 0.5862068965517241
7-methylpteridine – 0.5862068965517241
biquinoline – 0.5925925925925926
Carbazole – 0.5769230769230769
Pteridine – 0.5517241379310345
Tricyclazole – 0.5555555555555556

60%を超えているものはなかった。
biquinoline（ビシンコニン酸）が一番高くて59.25%。