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AI創薬 3時限目

化合物の構造を表現する方法として「フィンガープリント」がある。 RDKitではフィンガープリントを扱える。

(1)インフルエンザ治療薬タミフルで使われている「オセルタミビル(oseltamivir)」で試す。 pubchemを検索。

(2)検索結果からカノニカルSmileを取得 CCC(CC)OC1C=C(CC(C1NC(=O)C)N)C(=O)OCC

(3)カノニカルSmileからRDKitのMolオブジェクトを作る。

(4)MolオブジェクトからRDKitフィンガープリントを取得する。 dictionary構造になっている。

オセルタミビルの分子構造

(4)フィンガープリントを画像化。 2048個の各階層を画像にし、並べる。

RDKitフィンガープリントを画像化した結果